Hej cyberspace och labboranter!

Idag har man haft första labborationsdagen då man skall "renat" en rekombinant plasmid från en bakteriesuspension.

 Nedan följer frågor som skall besvaras.

1. Vilka föroreningar har du förhoppningsvis tagit bort?
Förhoppningsvis har man tagit bort E.colins, bakteriens, kromosomala DNA, RNA och proteiner.

2. Vad vet du om resultatet? Fick du ren plasmid?

 För att få ett resultat på dessa gjorde vi även koncentrations bestämning och renhetsbestämmning mha. spektrofotometern. Genom att man tog kvoten för absorbansen vid 260nm och absorbansen vid 280nm. I vårt fall fick vi ca 1,65.

Om kvoten är < 1,8 anser man att det är kontaminerat av proteiner. Vilket betyder att vi inte har fått ett renat plasmid DNA dvs. det finns spår av antingen kromosomalt DNA, RNA eller proteiner. Man bör tänka på att vid samma våglängder som man får absorbans i spektrofotometern kan komma från föroreningar dvs. inte endast från plasmid DNA:t utan även från kromosomalt DNA, RNA eller proteiner.

För att se om man fått ren plasmid måste man genomföra elektrofores för att då kunna se om t.ex. RNA smear finns.(vilket indikerar på att vid reningen har man inte lyckats rena bort RNA)

 Vid koncentrationsbestämningen fick vi fram 0,219µg/µL vilket hamnar inom referensområdet 200-300 µg/µL. En orsak till att man inte fick 50µg/µL kan vara att vid pipettering av bufferten EB 50µL inte pippeterat upp tillräcklig mycket mängd och det leder i sin tur till att man fått längre koncentration av DNA. Detta leder då till att DNA inte har eluerats, löst ut, tillräckligt. Orsaken bakom detta kan bero på att vi skulle ha haft locket i centrifugen vilket som glömdes.  

3. Är det något du funderar på som du vill att vi tar upp vid genomgång nästa labdag eller vid labuppföljningen?

Nej inte för tillfället.